L’Ienisseï prend sa source aux confins de la Sibérie, dans les eaux froides du plateau nord-ouest de la Mongolie, de la confluence du Grand et du Petit Ienisseï.
Il parcourt 4200 kilomètres à travers la Mongolie et la Fédération de Russie. Il longe sur plus de 2500 km le plateau de Sibérie occidentale, celle des plaines marécageuses gorgées d’hydrocarbures, la délimitant de la Sibérie orientale glaciale. Son cours inférieur est pris ainsi dans les glaces une grosse partie de l’année, de novembre à juin. Jalonné de centrales hydroélectriques, son bassin occupe 2,6 millions de km². Il draine donc toute la Sibérie centrale vers l’Océan glacial Arctique. Il est grossi par deux affluents, rive droite, la Toungouska Pierreuse et la Toungouska inférieure.
La vie d’immenses régions est rythmée par son cours puissant.
Équipé d’infrastructures gigantesques, le fleuve est la pièce maîtresse de l’économie de la Russie d’Asie. Son débit impressionnant surpasse celui des autres fleuves de la région, avec ses pointes à 18.100 m3/s. Mais la moyenne annuelle est peu représentative, car le fleuve connaît un écart conséquent entre les différentes saisons de ses hautes ou basses eaux. Navigable à partir de la ville de Minoussinsk, soit sur la presque totalité de son cours, il permet aux navires de haute mer de l’emprunter jusqu’à 650 km en amont.
La « mère des eaux », dans la langue Khakasse était autrefois interdite aux étrangers. Marqués par l’histoire industrielle et répressive, les souvenirs d’une époque agitée inscrite dans les eaux se retrouvent sur ses berges parfois désertées. Ici l’homme est petit face à la nature et à son emprise. Plus bas, le fleuve se fond dans un immense estuaire, bordé de méandres et de lacs, pour finir par s’écouler dans la mer de Kara. Cette zone de marécages représente une des plus grandes réserves naturelles de la Russie.